ภาษาอินโดนีเซียจัดอยู่ในตระกูลภาษาออสโตรนีเซียนและถือเป็นทำเนียบภาษามาตรฐานของภาษามาเลย์
ความสับสนเกิดขึ้นบ่อยครั้งเกี่ยวกับความหมายของชื่อภาษาอินโดนีเซีย ภาษามาเลเซีย และภาษามลายูในประเทศอินโดนีเซีย มีการแบ่งความแตกต่างระหว่างภาษาเหล่านี้ไว้อย่างชัดเจน
ภาษาอินโดนีเซียเป็นทำเนียบภาษามาตรฐานของภาษามาเลย์ที่เป็นภาษาประจำชาติของประเทศอินโดนีเซีย ส่วนภาษามาเลเซียเป็นทำเนียบภาษามาตรฐานของภาษามาเลย์ที่เป็นภาษาประจำชาติของประเทศมาเลเซีย
และภาษามลายูถือเป็นภาษาพื้นเมืองของกลุ่มชาติพันธุ์มาเลย์ที่อยู่ในประเทศอินโดนีเซียรวมทั้งเป็นหนึ่งในภาษาหลักประจำภูมิภาคที่รวมถึงภาษาชวา ภาษาซุนดา ภาษาบาหลี และภาษาอื่นๆ อีกด้วย อย่างไรก็ตาม ในประเทศมาเลเซีย
ไม่มีการแบ่งความแตกต่างระหว่างภาษามาเลย์กับภาษามลายูไว้อย่างชัดเจน นอกจากนี้ การใช้ชื่อภาษามลายูเป็นชื่อทางการสำหรับคนมาเลเซียได้เริ่มต้นตั้งแต่ปี ค.ศ. 2007 และมีการร่วมมือกันของสำนักภาษาและวรรณกรรมของประเทศอินโดนีเซีย มาเลเซีย
และบรูไนในการกำหนดเนื้อหามาตรฐานสำหรับภาษามาเลย์เพื่อเป็นภาษาประจำชาติของประเทศตนเองตามลำดับ
คำศัพท์และการออกเสียงของภาษาอินโดนีเซียได้รับอิทธิพลเป็นอย่างมากจากภาษาดัตช์ ส่วนภาษาที่มีอิทธิพลรองลงมาคือภาษาชวา ภาษาสันสกฤต ภาษาอาหรับ ภาษาเปอร์เซีย ภาษาโปรตุเกส ภาษาจีน และภาษาอังกฤษ
ที่น่าสนใจก็คือรากฐานจากภาษาสันสกฤตได้มีการนำมาใช้เป็นแหล่งที่มาหลักของคำศัพท์หรือวลีใหม่ในภาษาอินโดนีเซีย
ส่วนของระบบการเขียนที่มีการปรับปรุงไปครั้งล่าสุดในปี ค.ศ. 1972 ที่ผ่านมาจะมีตัวอักษรทั้งหมด 26 ตัวที่มาจากตัวอักษรภาษาอังกฤษก็คือตัว A ถึง Z นอกจากนี้ยังมีสระควบอีก 3 ตัวคือ ai au oi และพยัญชนะควบ 5 ตัวคือ gh kh ng ny sy
โดยรายการเหล่านี้จะไม่ถือเป็นตัวอักษรที่แยกจากกัน ตัวอักษรยาวีที่เป็นรูปแบบหนึ่งของภาษาอาหรับนั้นไม่ได้มีการใช้อย่างแพร่หลายในประเทศอินโดนีเซีย
แต่ตัวอักษรยาวีนั้นถือเป็นตัวอักษรทางการของประเทศบรูไนและยังมีการใช้กันอย่างแพร่หลายเป็นตัวอักษรทางเลือกในประเทศมาเลเซีย